Фамилия Боготоба — один из тех редких случаев, когда носитель фамилии может с высокой вероятностью определить географические корни своего рода, даже не заглядывая в архивы. С первого взгляда бросается в глаза нехарактерное для русских фамилий окончание на «-а». Если отбросить типичные русские суффиксы принадлежности (-ов, -ев, -ин), то в основе лежит либо иноязычное имя, либо прозвище, которое не склонялось по правилам русской грамматики.

Самая прямая и логичная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них слово «бога» (или «буга») означает «бык», «бугай», а также в переносном смысле — «сильный», «могучий» мужчина. Вторая часть «-тоба» может быть искажением личного имени или прозвища, либо же составной частью сложного слова. Например, в казахском и башкирском языках есть имя Богатай (Богатой), что означает «богатый» или «счастливый». В таком случае «Боготоба» — это адаптированная на русской почве форма от Богатай или Боготоп (где «топ» — «место», «стоянка»). Фамилия могла закрепиться за выходцами из татарских, башкирских или казахских родов, которые переходили на оседлый образ жизни и получали фамилии по имени главы семьи.

Менее вероятная, но не исключённая версия — искусственное происхождение. В XVIII–XIX веках при крещении инородцев священники иногда давали им «говорящие» фамилии, составленные из славянских корней. «Бого-» (от «Бог») и «-тоба» (от «тоба» — древнего названия племени или искажённого «тобою») могли сложить в фамилию-лозунг вроде «Бог с тобой». Однако для такого случая фамилия звучала бы как Боготобов или Боготобин, а не Боготоба. Форма на «-а» характерна для украинских, белорусских и польских фамилий, но там она обычно указывает на прозвище в именительном падеже.

В ономастических справочниках фамилия Боготоба не фигурирует как широко распространённая. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Южном Урале — регионах, где исторически жили тюркские народы. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян-башкир до служилых татар. Точное значение фамилии сегодня уже не восстановить без генеалогического исследования конкретной семьи, но тюркский след — самый надёжный ориентир для поисков.