Фамилия Боготопова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если попытаться разобрать её по составу, первая часть «Бого-» сразу наводит на мысль о божественном, но вторая часть «-топова» сбивает с толку. Наиболее правдоподобная версия связывает эту фамилию не с религией, а с конкретным географическим объектом или ремеслом.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или название места. Корень «топ» в русских говорах часто связан с болотом, топью («топь», «топкое место»). В сочетании с «Бого-» это могло означать «божье болото» — так в народе могли называть труднопроходимое, гиблое место, которое по какой-то причине считали находящимся под покровительством высших сил (например, из-за случая чудесного спасения). Человек, живший у такого урочища, получал прозвище Боготоп, а его потомки — фамилию Боготоповы.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имен, оканчивающихся на твердый согласный. Женская форма Боготопова — это прямое указание на принадлежность к роду Боготоповых (дочь или жена).

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с глаголом «топить». В этом случае «Боготоп» могло быть ироничным прозвищем человека, который топит печь, но делает это с особым усердием («божественно»), или же того, кто «топит» что-то в переносном смысле (например, губит дело). Однако эта трактовка слабее, так как не имеет устойчивой аналогии в других русских фамилиях.

Географически фамилия Боготопова встречается крайне редко. Единичные случаи фиксации относятся к южным областям России и Сибири, что косвенно подтверждает версию о локальном топониме (названии болота или оврага), который не сохранился на картах.

Таким образом, фамилия Боготопова — это, вероятнее всего, «топонимическая» фамилия, образованная от названия местности, связанной с болотом, которое в народном сознании получило эпитет «божий». Прямой связи с церковным саном или богословием она не имеет.