Фамилия Богушинский — один из тех случаев, где на первый взгляд очевидная основа обманчива. Самое простое объяснение — связать её с «богом» или производными вроде Богуша (уменьшительное от Богдан или Богуслав). Однако суффикс -инский указывает на географическое происхождение, а не на отчество. Скорее всего, Богушинский — это тот, кто родом из населённого пункта с названием Богушин, Богушино или аналогичным. Такие топонимы действительно встречаются на территории современной Польши, Беларуси и Украины, особенно в Волынской и Гродненской областях. Основа «Богуш» в славянских языках — это не только имя, но и прозвище, образованное от «бог» в значении «богатый» или «счастливый» (в диалектах «богущий» — зажиточный, сильный). Таким образом, фамилия могла закрепиться за человеком, который переселился из села Богушин, или за потомком шляхтича, владевшего таким имением.

В польской ономастике фамилии на -инский традиционно считались дворянскими или шляхетскими, особенно если имели привязку к конкретному поместью. Богушинский может восходить к гербовым родам, но документальных подтверждений массовой принадлежности к шляхте нет — в Российской империи многие однокоренные фамилии (Богушевский, Богушевич) носили и крестьяне, и мещане. Интересно, что в некоторых говорах «богуш» означало не только имя, но и «богомольный человек» или даже «юродивый», что добавляет третью, менее очевидную версию происхождения прозвища-основы.

В написании фамилии встречаются варианты: через «о» (Богушинский) и изредка через «а» (Багушинский) — последнее характерно для белорусской акающей традиции. Встречаемость фамилии невысокая, она сосредоточена в западных регионах бывшей Речи Посполитой. Поскольку фамилия образована по модели «топоним + -ский», точное значение корня «Богуш» можно уточнить только через конкретное место: если село называлось по имени первого поселенца Богуша, то фамилия восходит к нему; если по прозвищу — к диалектному слову. Без географической привязки остаётся лишь гадать, но шляхетский оттенок и польская огласовка делают версию с топонимом наиболее вероятной.