Фамилия Бокотей — одна из тех, что хранит в себе географию Древней Руси. Её основа, скорее всего, восходит к названию села Бакота в Хмельницкой области на Украине, стоявшего на Днестре. Чередование гласных «а/о» в корне (Бакота → Бокотей) — характерный след окающих говоров, распространённых на севере и востоке от Москвы, куда носитель фамилии мог позже переселиться.

Бакота — место с богатой историей. Впервые она упомянута в летописи 1024 года, а в XIII веке была крупным политико-административным центром Днестровского Низовья (позже — Подолья) в составе Галицко-Волынского княжества. Археологи находят там следы языческих святилищ и курганные женские захоронения — край был плотно заселён с доисторических времён. Подводные исследования у устья реки Смотрич выявили даже легенду о каменном отпечатке стопы Будды длиной в семь саженей, что добавляет месту мистический ореол.

Что касается значения самого топонима «Бакота», единого мнения нет. Первая версия — румынское «бокота», то есть «кусок хлеба»: возможно, местные жители торговали хлебом с соседями. Вторая — славянская: «ба» как приставка, а корень «кот/хот» означает «желанный», то есть Бакота — «чудесное, желанное место».

Фамилия Бокотей образована по продуктивной модели с суффиксом -ей, который часто указывал на принадлежность или прозвищное происхождение. Скорее всего, основатель рода долго жил в Бакотской округе или был оттуда родом, за что и получил прозвище Бокота. Со временем прозвище закрепилось как фамилия в форме Бокотей — так потомков того человека стали называть по месту их происхождения или по отцу-носителю прозвища.