Фамилия Болдакина — женская форма фамилии Болдакин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Болдака. В основе фамилии лежит древнерусское слово «болда» — так в северных и центральных говорах называли шишку, нарост на дереве или утолщение. Переносное значение слова — «крепкий, коренастый человек» или, напротив, «упрямец, неповоротливый». Прозвище Болдака могли дать человеку плотного телосложения или с характерной «шишкой» — например, шишковатым носом или выпуклым лбом.

По словообразовательной модели фамилия типична для русского севера и Поволжья. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Болдакин — «сын Болдаки» или «человек из рода Болдаки». Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей, где прозвища были бытовыми и конкретными. В отличие от фамилий на -ов, которые могли давать по отцу с именем на согласный (Иван → Иванов), форма на -ин характерна для основ на -а, -я.

Интересно, что у фамилии Болдакин есть параллели с тюркскими корнями: «болда» в некоторых тюркских языках означает «сталь» или «булат». Однако для русской ономастики эта версия менее вероятна — прозвища от тюркских заимствований обычно фиксировались в южных регионах, а фамилия Болдакин встречается в основном в архангельских, вологодских и вятских записях. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит основу «болд-» к группе прозвищ по внешним признакам, без указания на иноязычное влияние.

Среди однокоренных фамилий — Болдаков, Болдин, Болдырев. Болдакин стоит особняком за счёт суффикса -ин и редкой огласовки: если Болдырев образован от «болдырь» (метис, ребёнок от смешанного брака), то Болдакин сохраняет более архаичную форму прозвища. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании — вероятно, в нескольких деревнях одного уезда. Носительница фамилии Болдакина может считать свои корни связанными с северорусским крестьянством, где прозвище закрепилось за родоначальником не позже XVII века.