Фамилия Болдакин образована от прозвища Болдака. В её основе лежит диалектное слово «болдак» — так в южнорусских и украинских говорах называли болтуна, пустомелю или крикливого, неуживчивого человека. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Болдакин — сын или потомок Болдаки. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образовывались от основ, оканчивающихся на -а, -я, поэтому модель здесь стандартная и прозрачная.

Версия о тюркском происхождении встречается реже, но её стоит упомянуть. В тюркских языках есть слово «болдак» или «балдак» — набалдашник, рукоять сабли, а также переносное значение «крепкий, коренастый человек». Если прозвище дали по внешности или по занятию (например, оружейнику), то фамилия могла возникнуть на южных рубежах России, где контакт с тюркскими народами был постоянным. Однако для центральных и северных регионов более вероятно славянское толкование — от «болда» (болтун) с экспрессивным суффиксом -ак.

Фамилия редкая, не входит в число распространённых. Встречается в основном в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также в восточных районах Украины. В дореволюционных переписях Болдакины фигурируют как крестьяне и мещане, без указания на дворянское происхождение. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, возникших из простонародной среды и не получивших широкого распространения.