Фамилия Болдурный — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не оставило следов в литературном языке, зато живёт в говорах. Её происхождение напрямую связано со словом «болдырь», которое в разных диалектах означает либо «метис» (помесь разных пород животных, например, собаки с волком), либо, переносно, «человек смешанного происхождения» — ребёнок от брака русского и нерусского, чаще всего в южных и поволжских областях. Есть и другое значение: «глупый, упрямый человек», «болван». В. И. Даль фиксирует оба варианта.

Суффикс -н(ый) в фамилии — типичный для русских прилагательных, которые становились фамилиями без дополнительных родовых суффиксов (-ов, -ин). Такая модель характерна для прозвищ, описывающих внешность или характер: Кривой, Глухой, Рыжий. Болдурный — буквально «тот, кого прозвали Болдырь», «болдырный». Звонкое «д» в корне вместо глухого «т» в «болтырь» (встречается в говорах) не меняет сути: это вариация одного и того же прозвищного слова.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где слово «болдырь» было в ходу. Встречается она редко — в современных базах данных не набирает и нескольких десятков носителей. Это не фамилия дворянского рода или духовенства: её несли крестьяне и посадские люди, получившие прозвище в быту. Скорее всего, предок Болдурный был либо человеком смешанной крови (что в условиях пограничья, например, на Дону или в Слобожанщине, не редкость), либо, по второй версии, отличался упрямством, за что и получил нелестное, но запоминающееся прозвище.

Родственные фамилии — Болдырев (самая частая, с суффиксом принадлежности), Болдырь, Болдырёв. Болдурный стоит особняком за счёт прилагательной формы, которая реже переходила в фамилии без изменений. Это делает её более «говорящей»: она не просто называет потомка некоего Болдыря, а прямо описывает его самого — «болдурный», то есть такой, каким был прозван предок.