Фамилия Болховитинова крепко привязана к древнему русскому городу Болхову, что в Орловской области. Её основа — прозвище Болховитин, которое давали человеку, пришедшему оттуда. В старом русском языке суффикс -итин как раз и служил для обозначения жителя определённой местности: москвитин из Москвы, костромитин из Костромы. Так и предок носителей этой фамилии стал Болховитиным по месту своего происхождения.

Сам город Болхов известен с XIII века, когда был центром удельного княжества, а позже, в XVI веке, — важным укреплением на южных рубежах государства. Сегодня он славится обилием храмов (их 26, древнейшие относятся к XVII веку), а роспись женского Богородично-Всесвятского монастыря выполнена известным художником Бруни совместно с Михаилом Николаевичем Васильевым. Именно из этой среды — служилых людей, посадских или крестьян, живших под защитой крепостных стен, — скорее всего и вышел основатель рода.

О происхождении названия «Болхов» есть спорная, но любопытная версия: его связывают с тюркским мужским именем Болх, в основе которого лежит слово «bolluq» — «богатство, изобилие». Если это так, то в названии города и, как следствие, в фамилии сохранился отголосок древних контактов славян со степью.

Первое документальное упоминание прозвища относится к концу XVI века: в исторических актах значится Меньшой Иванович Болховитин, убитый татарами в 1590 году. Это говорит о том, что уже тогда прозвище было в ходу, а его носитель, судя по имени и обстоятельствам гибели, принадлежал к служилому сословию, нёсшему сторожевую службу на южной границе. Со временем, по обычной русской модели, прозвище перешло в фамилию, закрепившись за потомками.