Фамилия Болобин — редкий образец русской фамилии, образованной от прозвища, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «болоба» или «болобан». В говорах русского севера и центральной России так называли неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. В некоторых областях слово имело и более конкретное значение — «глуповатый, бестолковый». Таким образом, прозвище Болоба давали человеку по его медлительности или простодушию.

По модели образования фамилия — типичная для русской антропонимии: к основе на -а добавляется патронимический суффикс -ин, означающий «сын Болобы». То есть Болобин буквально — «чей?» — «сын того, кого звали Болобой». Меньше похоже на связь с тюркским «балабан» (большой, крупный) или с названием птицы «балабан» (вид сокола): в русской речи эти заимствования обычно давали формы Балабанов, Балабин, а не Болобин.

Интересно, что фамилия Болобин почти не встречается в центральных и южных областях России, но имеет локальный очаг в Вологодской и Архангельской губерниях. По переписям XIX века, большинство Болобиных были государственными крестьянами. Встречается фамилия и у старообрядцев: в метрических книгах некоторых северных скитов фигурируют крестьяне с этой фамилией, что указывает на её давнее бытование в замкнутых общинах.

В отличие от более частых фамилий на -ов, суффикс -ин у Болобина указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на -а (Болоба), а не на согласный. Это сближает её с фамилиями вроде Бородин, Головин, но ставит в ряд с теми, которые произошли от прозвищ с уменьшительно-пренебрежительным оттенком. Других версий происхождения, заслуживающих серьёзного внимания, у этой фамилии нет.