Фамилия Болошенко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который в буквальном смысле означает «сын» или «потомок». Таким образом, Болошенко — это «сын Болоха» или «потомок человека по прозвищу Болох». Само прозвище Болох, скорее всего, связано с названием жителей древнерусской исторической области — Болоховской земли. Эта территория в XII–XIII веках располагалась в верховьях Южного Буга и в бассейне рек Горынь, Случь и Тетерев (сейчас это Хмельницкая область Украины). Болоховская земля имела непростую судьбу: в XIII веке она отделилась от Киевского княжества, признала власть монголо-татар, а позже вошла в состав Галицко-Волынского княжества. Жителей этой области называли болохами, и прозвище Болох могло указывать на выходца оттуда.

Существует и менее вероятная версия, связанная с древним нецерковным именем Болошь. В славянской мифологии болошью называли духа болотистых мест, родича водяного и лешего. Согласно поверьям, он мог обернуться монахом и заманить путника в трясину. Давая ребёнку такое имя, родители надеялись уберечь его от нечистой силы — считалось, что названный в честь духа становится ему «своим» и не подвергается нападению. Однако эта гипотеза слабее: прозвище Болох чаще встречается в исторических документах именно как обозначение жителя Болоховской земли, а не как имя-оберег.

Суффикс -енко в фамилии Болошенко — типичный для украинской ономастики XVI–XVIII веков. Такие фамилии массово закреплялись за казаками, крестьянами и мещанами на Левобережной и Правобережной Украине. Географически фамилия Болошенко чаще всего встречается в центральных и западных областях Украины, что косвенно подтверждает связь с Болоховской землёй. В России эта фамилия редкая и, как правило, принадлежит потомкам переселенцев с Украины.