Фамилия Болотинский принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от географических названий с помощью суффикса -ский. Этот суффикс указывал на принадлежность к местности или на происхождение оттуда: Болотинский буквально значит «тот, кто из Болотина».

Основа фамилии — топоним (название населённого пункта) Болотино. Таких сел и деревень на карте бывшей Российской империи было несколько. Одно из них находится на Украине, в Станично-Луганском районе Луганской области, другое — в России, в Аургазинском районе Башкортостана. В основе названия лежит слово «болотина», которое в диалектах означает не просто болото, а именно топкое, сырое, непроходимое место. Название села, скорее всего, дали по характеру местности, где оно возникло.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был либо уроженцем, либо владельцем или жителем одного из таких селений. В дворянской среде фамилии на -ский часто закреплялись за помещиками по названию их вотчины, но мог получить такую фамилию и простой крестьянин, переселившийся в другое место и прозванный по прежнему месту жительства.

В документах фамилия встречается с конца XIX века. Например, в Книге памяти Приморского края упомянут Болотинский Иосиф Матвеевич, 1882 года рождения, уроженец Севастополя, работавший начальником распределительной группы заготконторы Дальневосточного госморпароходства. Эта запись показательна: носитель фамилии родился далеко от «родового» Болотина, что лишний раз подтверждает — фамилия давно оторвалась от своего географического корня и стала просто родовым именем.