Фамилия Болтрушко — редкий пример того, как географическое название и религиозная история сплелись в одной словообразовательной модели. Вопреки ожиданиям, её основа не связана с болтами или ремеслом: изначально фамилия звучала как Балтрушко и лишь под влиянием «окающих» говоров (где «о» произносится отчётливо, даже в безударной позиции) закрепилась в современном написании.

Корень здесь — топоним Балтрук. Так называлась небольшая деревушка в Курляндии, исторической области на западе современной Латвии. Место примечательно тем, что в 1699 году там построили старообрядческий храм. Старообрядцы, не признававшие реформ Никона, жили обособленно, переписывали богослужебные книги по-своему и создали самобытную певческую традицию. Именно это позволяет предположить, что прозвище Балтрушко дали человеку, который либо родился в той деревне, либо придерживался старообрядческих взглядов.

Суффикс «-ушк-» в фамилии типичен для украинской, белорусской и западнорусской ономастики: он образует уменьшительно-ласкательные или уничижительные формы от имён и прозвищ (сравните: Иванушко, Петрушко). В случае с Болтрушко суффикс, скорее всего, придаёт оттенок «родом из Балтрука» или «маленький балтруковец». Со временем прозвище закрепилось как наследственное имя и полностью вытеснило исходное личное имя в документах и быту.