Оно ведет свое начало от украинского глагола «бомкати» - «звонить отрывисто, негромко (о звоне)». Вероятно, прозвище Бомко либо содержало указание на род деятельности основателя фамилии (звонарь (церковная должность, лицо, обязанное звонить в колокола при богослужениях)), либо на личностные особенности предка (громкий, звонкий голос).