Фамилия Борискин — одна из тех, что образованы от крестильного имени Борис. Имя это скандинавского происхождения (от Бьёрн — «медведь») и попало в русские святцы после крещения Руси, но широкое хождение получило благодаря князю Борису, сыну Владимира Святого, убитому вместе с братом Глебом. В народе имя быстро обросло уменьшительными формами: Боря, Борька, Бориска. Последняя — Бориска — и легла в основу фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Борискин буквально значит «сын Бориски». Так в XVI–XVII веках на Руси называли людей по отцу, и фамилия закреплялась за детьми и внуками. Модель образования простая и прозрачная, без редких суффиксальных хитростей, что говорит о её крестьянском или посадском происхождении: в среде духовенства и дворянства чаще использовали отчества на -ский или -ов.

Любопытно, что форма Бориска была не только ласкательной, но и пренебрежительной — так могли называть человека незнатного рода или молодого парня. Однако в случае фамилии оттенок пренебрежения стёрся, осталась лишь родовая связь. В документах XVII века встречаются упоминания крестьян Борискиных в центральных уездах России, но массовое распространение фамилия получила позже, в XIX веке, когда крестьянам начали массово давать фамилии по отцу.

Ономасты, например Б. Унбегаун, относят фамилии на -ин к числу самых распространённых в северных и центральных губерниях, что косвенно подтверждает географию Борискиных: чаще всего они встречаются в Тверской, Ярославской и Московской областях. Встречаются и варианты написания — Борискин, Борискин (с ударением на второй слог), но разницы в значении нет.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются связать с прозвищем Бориска от слова «борить» (бороть, одолевать), но это натяжка: имя Борис настолько употребительно, что объяснение через прозвище излишне. Правдоподобнее всего — прямое происхождение от канонического имени через народную форму.