Фамилия Бориснёва образована от мужского личного имени Борисень — производной, уменьшительной формы имени Борис. Это одна из тех фамилий, где суффикс -ёв (фонетический вариант -ев после твёрдых шипящих) указывает на принадлежность: «сын Борисеня» или «из дома Борисеня». Само имя Борис имеет два основных объяснения. По первой версии, оно пришло на Русь вместе с христианством из Болгарии и связано с именем древнеболгарского князя Бориса, крестителя страны. По второй, более редкой гипотезе, имя восходит к болгарскому слову «борец». Однако для фамилии Бориснёва важнее не столько происхождение самого Бориса, сколько то, что в народе бытовала его ласкательная форма — Борисень.

Фамилия Бориснёв (и её женская форма Бориснёва) — сравнительно редкая. Её ареал, скорее всего, связан с центральными и южнорусскими областями, где были распространены уменьшительные имена с суффиксом -ень. Подобные модели — основа фамилий вроде Аксёнов (от Аксён, форма имени Авксентий) или Кирсанов (от Кирсан, форма имени Хрисанф). Суффикс -ёв, а не -ов, указывает на то, что в основе лежит имя или прозвище с мягким или шипящим согласным на конце: Борисень.

Скорее всего, основатель рода Бориснёвых был человеком из простого сословия. В среде крестьян и ремесленников фамилии часто образовывались именно от обиходных, уличных форм имени, а не от полного канонического. Потомок человека по прозвищу Борисень со временем стал писаться как Бориснёв. В документах XIX — начала XX века такая фамилия могла записываться через «ё» или «е» — Бориснев, что не меняло её сути, но отражало колебания в орфографии того времени.