Фамилия Бориснёв образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. В её основе лежит церковное имя Борис, но не в полной, а в производной форме — Борисень. Именно от неё через суффикс -ёв и появилась фамилия: Борисень → Бориснёв. Суффикс -ёв (фонетический вариант -ов под ударением) указывает на принадлежность: «сын Борисеня» или «человек из рода Борисеня».

Есть и другая точка зрения, согласно которой имя Борис восходит к болгарскому слову «борец». Однако для русской антропонимии важнее другое: имя Борис стало одним из самых распространённых после канонизации святых князей Бориса и Глеба. Соответственно, его уменьшительные и производные формы — Бориска, Борисёнок, Борисень — дали жизнь десяткам фамилий, среди которых Бориснёв — одна из самых редких по словообразовательной модели.

Фамилия Бориснёв почти не встречается в центральных областях России; её ареал тяготеет к северо-западу и северу — к бывшим новгородским и псковским землям, где уменьшительные формы с суффиксом -ень (-еня) были особенно употребительны. О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным, а письменные источники по крестьянским и мещанским родам скудны. Тем не менее, фамилия Бориснёв сохранила в себе живую народную форму крестильного имени — ту самую, которую в быту использовали чаще, чем полный церковный вариант.