Фамилия Борходоев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не географическое название, а, скорее всего, местное прозвище, связанное с тюркскими языками. Самый вероятный корень — тюркское «борхо» или «борку», что в разных диалектах означает «шапка», «меховая шапка» или «башлык». Суффикс «-дой» (в форме «Борходой») — это типичный для бурятских, монгольских и некоторых тюркских фамилий аффикс, образующий прозвище по характерному признаку: «Борходой» буквально значит «шапочник» или «тот, кто в шапке». Русский суффикс «-ев» добавился уже при русификации, когда прозвище превратили в фамилию по модели отчества.

Иными словами, предок Борходоевых мог получить прозвище за то, что постоянно носил заметный головной убор — например, высокую меховую шапку, которая отличала его от других. Не исключено и ремесленное происхождение: «борходой» могло означать мастера по изготовлению шапок. Такая модель образования типична для народов Прибайкалья и Забайкалья, где фамилии на «-ев» с тюрко-монгольской основой встречаются сплошь и рядом.

Вторая, менее вероятная версия выводит основу от бурятского «борхо» — «кашель», «хрипота». Тогда прозвище Борходой дали человеку с хриплым голосом или хроническим кашлем. Но эта гипотеза слабее: прозвища по болезни встречаются реже, чем по одежде или занятию, и обычно имеют более уничижительный оттенок, который редко закреплялся в фамилиях у народов Сибири.

Географически фамилия Борходоев почти наверняка привязана к Бурятии, Иркутской области или Забайкальскому краю. В дореволюционных метрических книгах и списках казачьего или крестьянского населения она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании и, вероятно, сравнительно позднем оформлении (конец XIX — начало XX века). Сословно предки могли быть бурятскими скотоводами, охотниками или казаками, принявшими православие и вместе с ним русскую фамильную форму.

С точки зрения словообразования, фамилия Борходоев стоит в одном ряду с такими же бурятскими фамилиями, как Борхоев, Борсоев, Бадмаев. Все они образованы по одной схеме: тюрко-монгольская основа + суффикс «-ой» (в прозвище) + русский суффикс «-ев». Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Борходо́ев, хотя в устной речи нередко смещается на второй.