Фамилия Борхоноев — редкая и географически привязанная. Её основа почти наверняка восходит к бурятскому или монгольскому языку, а суффикс -ев указывает на русскую адаптацию, характерную для фамилий народов Сибири и Дальнего Востока. В бурятской ономастике такие фамилии часто образовывались от личных имён, прозвищ или названий родов (обогов) с добавлением русского патронимического суффикса.

Корень «Борхон» или «Борхоно» в бурятском и монгольском имеет два основных значения. Первое — «бор» означает «серый» (цвет), а «хон» — «баран» (монг. «хонь» — овца, баран). Таким образом, Борхон могло быть прозвищем человека, похожего на серого барана — либо по цвету волос, либо по упрямому характеру. Второе значение связано с топонимом: в Бурятии есть местность Борхон (например, в Тункинском районе) и урочища с таким названием. Фамилия могла закрепиться за выходцем из этих мест, то есть быть по происхождению прозвищно-топонимической.

Словообразовательная модель проста: к основе «Борхон» добавили русский суффикс -оев, который в бурятских фамилиях заменяет монгольский показатель принадлежности. Сравните с фамилиями Борхонов, Борхонгуев — они однокоренные, но различаются суффиксами. Форма Борхоноев встречается реже других, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в определённом роде или улусе.

По сословной принадлежности предки Борхноевых, скорее всего, относились к бурятским казакам или крестьянам-скотоводам. Фамилия не дворянская и не купеческая — такие основы редко давали высокие сословия. В метрических книгах Забайкалья и Иркутской губернии XIX века можно найти записи о бурятах с похожими фамилиями, но именно вариант «Борхоноев» фиксируется редко, что делает его интересным объектом для локального генеалогического поиска.

Спорных версий здесь почти нет: тюркская или тунгусская этимология маловероятна, так как «борхон» нехарактерно для этих языков. Единственная альтернатива — связь с монгольским словом «борх» (пыль, прах), но это даёт прозвище «пыльный», что менее убедительно, чем «серый баран» или географическое название.