Фамилия Борхонов — редкая, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В ней слышится что-то нерусское, но суффикс -ов чётко указывает на то, что фамилия формировалась в русской языковой среде по стандартной модели: от прозвища или имени предка, оканчивающегося на твёрдый согласный.

Основа «Борхон» — самое интересное. Вероятнее всего, она восходит к тюркским корням, что типично для фамилий, возникших в зонах активного контакта русских с тюркскими народами (Поволжье, Урал, Сибирь). В тюркских языках «бор» означает «мел», «известняк», а «хон» (или «кан») — «кровь», но в составе прозвища «Борхон» могло значить нечто другое. Более правдоподобна связь с тюркским словом «борхон» — так в некоторых диалектах называли барсука или мелкого хищного зверя. Прозвище Борхон могли дать человеку за внешнее сходство с этим животным (коренастость, полосатость, привычку рыться в земле) или за особенности характера: скрытность, упрямство, хозяйственность.

Менее вероятная, но возможная версия — от крестильного имени. В святцах имени Борхон нет, но в качестве производной формы могли использовать тюркское имя Бурхан (от арабского «бурхан» — «доказательство», «довод»). В русском произношении «Бурхан» могло перейти в «Борхон» через замену гласной и упрощение. Если это так, то фамилия Борхонов — русифицированная версия фамилии Бурханов, распространённой у татар и башкир.

Географически фамилия Борхонов встречается крайне редко, в основном в Поволжье и на Урале. Это подтверждает версию о тюркской основе: именно здесь русские крестьяне и служилые люди чаще всего получали прозвища от соседей-татар или башкир. Сословно носители фамилии скорее всего были крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Борхоновы — это потомки человека по прозвищу Борхон. Кем он был — барсуковидным крестьянином, носителем тюркского имени или выходцем из татарской среды, — сказать сложно, но ясно, что его прозвище пришло из степной, а не из славянской традиции.