Фамилия Бордонов — редкий случай, когда корень почти наверняка иноязычный, а суффикс — исконно русский, указывающий на принадлежность. Основа «Бордон» могла прийти в русский язык из французского (bord — «край, борт») или из итальянского (bordone — «посох, страннический дорожный посох»). Вторая версия любопытнее: в средневековой Европе «бордон» — не просто палка, а атрибут паломника, символ странствия. Если предок получил прозвище Бордон, он мог быть либо человеком, постоянно носившим с собой посох (странник, богомолец), либо, в переносном смысле, — неусидчивым, «кочевым» ремесленником.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов добавляет значение «сын» или «потомок». Бордонов — буквально «сын Бордона». В русском ономастиконе эта фамилия встречается крайне редко, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она закрепилась в среде, где были сильны контакты с Западной Европой: среди обрусевших иностранцев, купцов, имевших дела с иноземцами, или в дворянских родах, где практиковали моду на французские прозвища.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Бордонов стоит в ряду прозвищных фамилий с «говорящей» основой. Аналогов по модели — немного: скажем, Шпагин или Кинжалов — тоже от предметов, но Бордонов выделяется оттенком бытовой, почти фольклорной образности. Никаких документальных подтверждений массового распространения фамилии нет — это штучный, почти кабинетный случай, когда фамилия сохранилась, возможно, в единственном роде, ведущем начало от одного человека с необычным прозвищем.