Фамилия Борхонова — женская форма, а её мужской вариант — Борхонов. Это одна из тех фамилий, где сразу понятно: корень не славянский, а тюркский или монгольский. Искать её происхождение в древнерусских прозвищах или церковных именах бесполезно — здесь работает другая ономастическая модель.

Основа фамилии — слово «борхон» (или «борхо»). В бурятском и монгольском языках «борхон» означает «барсук». Это не просто животное: в скотоводческих культурах барсук — зверь заметный, с характерными повадками, и прозвище Борхон могли дать человеку за внешнее сходство (например, за коренастость или неторопливость), за привычку копаться в земле или даже за хитрость. По другой версии, «борхон» могло быть личным именем-оберегом: чтобы ребёнок рос здоровым и сильным, как барсук.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилии: к основе добавили патронимический суффикс, означающий «сын Борхона». Это типично для народов, которые вошли в состав Российской империи и чьи имена и прозвища стали оформляться по русскому образцу. Чаще всего такие фамилии встречаются у бурят, калмыков, реже — у алтайцев и тувинцев. Географически Борхоновы — это почти наверняка Прибайкалье, Бурятия, Забайкальский край.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на «-ов», образованных от русских мирских имён, здесь мы видим прямой переход тюрко-монгольского прозвища в русскую фамилию без промежуточного крестильного имени. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были, скорее всего, не крещёными славянами, а бурятами-шаманистами или буддистами, чьи имена в XIX веке при переписях просто записали в метрики.

Споров вокруг фамилии немного. Единственная альтернативная версия — связь с тюркским «борк» (шапка, головной убор) — маловероятна, так как форма «борхон» для этого слова нехарактерна. Более правдоподобно объяснение через «барсука»: оно и семантически прозрачно, и подтверждается живыми бурятскими фамилиями вроде Борхонов, Борхоев.