Фамилия Бороноева — женская форма, а её мужской вариант, Бороноев, образован по типичной русской модели с суффиксом -ев. Этот суффикс указывает на принадлежность: Бороноев буквально значит «сын (или потомок) Бороноя». Сама основа, Бороной, — это не славянское имя, а тюркское прозвище или дохристианское личное имя.

Корень «борон» восходит к тюркскому слову «буран» (бурный, вихрь, метель). В тюркских языках, особенно сибирских (бурятском, монгольском, алтайском), «буран» или «борон» могло означать не только природное явление, но и переноситься на человека — как прозвище для стремительного, неудержимого или грозного мужчины. В бурятской ономастике имя Бороной встречается как личное, а фамилия Бороноев распространена среди бурят.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с монгольским «бор» (серый) и суффиксом -он, что давало бы значение «сероватый» — такое прозвище могли дать по цвету волос или масти скота. Однако первая гипотеза надёжнее: она объясняет и динамику образа, и географию фамилии.

Фамилия Бороноева — яркий пример того, как русский патронимический суффикс наложился на тюрко-монгольское имя, закрепив его в документах. Носители фамилии в основном встречаются в Бурятии, Иркутской области и Забайкалье, что подтверждает её сибирские корни. В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, эта несёт отпечаток степной культуры и кочевого прошлого.