Фамилия Болходоев — одна из тех, где при первом взгляде кажется, что корень тюркский или монгольский, но при ближайшем рассмотрении всё оказывается сложнее и интереснее. Основа «Болход» не встречается в современных тюркских языках как очевидное имя или слово, и это заставляет искать другие пути.

Самый вероятный источник — диалектное или искажённое прозвище. В русских говорах, особенно сибирских и уральских, слово «болх» или «болха» могло означать нечто выпуклое, шишку, нарост — отсюда «болховатый» (неровный, шероховатый). Человека с такой внешностью или с крупной шишкой на теле могли прозвать Болходой. Суффикс -од- в данном случае — редкий, но встречающийся в русских прозвищах (ср. Горбода, Косода), он придаёт слову оттенок «обладающий признаком». То есть Болходой — «тот, у кого есть болх» или «болховатый». Затем к прозвищу добавили стандартный русский патронимический суффикс -ев, образовав фамилию по отцу.

Вторая версия, менее надёжная, связывает фамилию с бурятским или монгольским именем Болход (от «болох» — «быть, становиться»), но такая форма имени в монгольских языках не зафиксирована как распространённая. Скорее всего, это случайное созвучие, и первая версия объясняет происхождение точнее.

Географически фамилия Болходоев тяготеет к Восточной Сибири и Забайкалью, что неудивительно: именно там активно смешивались русское население с бурятами и эвенками, и русские прозвища могли принимать необычные суффиксы, а затем закрепляться в документах. Возможно, первый носитель фамилии был русским крестьянином или казаком, получившим прозвище за внешность, и его дети записались как Болходоевы.

Словообразовательная модель — типичная для русских фамилий на -ев, но с необычным корнем. Если бы основа была тюркской, мы бы скорее увидели форму Болходов (с ударным -ов), а здесь суффикс -ев указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й»: Болходой → Болходоев. Это дополнительный аргумент в пользу русского прозвищного происхождения.