Фамилия Болховских — одна из тех, что прямо указывает на место, откуда родом был её первый носитель. Её основа — топоним Болхов, древний русский город в Орловской области. Болхов известен с XIII века как центр удельного княжества, а позднее, с XVI века, служил важным укреплением на южных рубежах Московского государства. Сегодня в городе насчитывается 26 храмов, самые старые из которых построены в XVII веке; роспись женского Богородично-Всесвятского монастыря выполнил известный художник Бруни вместе с Михаилом Николаевичем Васильевым. Выходец из этого города получал прозвище Болховский, а его потомки стали Болховскими — по модели фамилий на -их/-ых, типичной для северных и центральных русских говоров. Эта модель указывает на принадлежность к роду: «из семьи Болховских».

Само название города Болхов, скорее всего, восходит к тюркскому мужскому имени Болх, которое этимологически связано с тюркским словом «bolluq» — «богатство, изобилие». В русской истории известно и княжеское прозвание Болх: его носил Звенигородский князь Иван Андреевич, ставший, по родословным преданиям, родоначальником князей Болховских. Однако княжеская фамилия в именительном падеже единственного числа звучит как Болховский (с ударением на второй слог), а не Болховских. Это разные модели образования: княжеская — притяжательное прилагательное (чей? — Болховского князя), а фамилия на -их — застывшая форма родительного падежа множественного числа. Поэтому княжеский род и фамилия Болховских — не одно и то же, хотя корень у них общий.

Вероятнее всего, предки современных Болховских были не князьями, а посадскими людьми, крестьянами или служилыми, переселившимися из Болхова в другие земли. Фамилия закрепилась в тех регионах, куда уходили болховские переселенцы — на Урал, в Сибирь, в северные губернии. Со временем окончание -их, характерное для северорусской ономастики, стало восприниматься как неизменяемый признак фамилии, и сегодня Болховских не склоняется по падежам, как и другие фамилии этой группы.