Фамилия Бородульский — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью стёрло свою первоначальную форму. Если отбросить типичный для восточнославянских фамилий суффикс -ский, указывающий на происхождение от географического названия или прозвища (по модели «чей?»), остаётся корень «Бородуль-». Здесь сразу напрашивается связь со словом «борода», но не прямая, а через уменьшительно-уничижительную или шутливую форму.

Вероятнее всего, в основе лежит древнерусское прозвище Бородуля. Суффикс -ул(я) в именах собственных (ср. Микуля, Петуля, Грязнуля) часто придавал слову оттенок насмешливой ласки или указывал на обладателя яркой, гиперболизированной черты. Бородулей могли прозвать человека с большой, окладистой бородой, которую он, возможно, берёг или, наоборот, носил небрежно. Прямых параллелей в современных словарях немного, но в исторических актах встречаются прозвища Борода, Бородка, и Бородуля логично вписывается в этот ряд как производная форма.

Менее правдоподобна, но допустима версия, что корень восходит к диалектному слову «бородуля» — так в некоторых говорах называли растение (например, борщевик или козлобородник) из-за его мохнатых соцветий. В этом случае прозвище мог получить травник, знахарь или человек, занимавшийся сбором трав. Однако для фамилии, оканчивающейся на -ский, типичнее связь с прозвищем человека, а не с названием растения.

Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным регионам бывшей Речи Посполитой — современной Беларуси, Украине и прилегающим областям Польши. Суффикс -ский в этих краях был особенно популярен у шляхты и мещан, но его носила и часть крестьян, получавших фамилии по прозвищу отца. Таким образом, Бородульский — это, скорее всего, потомок человека по прозвищу Бородуля, который либо сам был «бородачом» в самом заметном смысле этого слова, либо получил прозвище по растению, если верить ботанической гипотезе. Первая версия надёжнее: она проще и типичнее для русской ономастики, где внешность — один из главных источников прозвищ.