Фамилия Бородун — одна из тех, где прозвище или имя предка «застыло» в необычной форме. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ев или -ин, которые означают «чей?» (сын такого-то), фамилия Бородун образована напрямую от прозвища с характерным суффиксом -ун. Этот суффикс в русском языке часто указывал на деятеля, склонного к какому-то действию или обладающего заметным признаком: говорун, прыгун, ворчун. Соответственно, Бородун — это человек с большой, окладистой бородой, который как бы «бородой своей примечателен». Такие прозвища давали не просто так: в крестьянской среде борода была символом мужественности, зрелости и достатка, а «бородун» — это, скорее всего, уважительно-ироничное прозвание мужика с окладистой бородой.

Версия о том, что фамилия могла произойти от календарного имени (например, Варфоломей), маловероятна и не подтверждается словообразовательной моделью. Суффикс -ун редко присоединялся к церковным именам, а если бы и присоединился, форма была бы иной (например, Варфоломун — неестественно). Гораздо проще и логичнее видеть здесь бытовое прозвище, которое закрепилось за родом.

Географически фамилия Бородун редкая и встречается преимущественно в южных и центральных регионах России, а также на Украине. Это объяснимо: в малороссийских говорах слово «борода» и производные от него были особенно употребительны. Встречаются варианты написания с одной «о» (Бородунов — более распространённая форма) и с окончанием на -а (Бородуна), но именно форма Бородун — самая архаичная, без патронимического суффикса, что указывает на её древнее происхождение, возможно, ещё из допетровской Руси.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Бородун в подавляющем большинстве — потомки крестьян или казаков. Прозвище не несло в себе никакого намёка на знатное происхождение или ремесло, а описывало внешность. Однако именно такие «говорящие» фамилии ценны для историка: они сохранили живую народную речь и бытовые детали, которые не попали в официальные документы. Фамилия Бородун — это не просто метка, а портрет предка, который выделялся среди односельчан своей окладистой бородой.