Фамилия Бородунин образована от прозвища или нецерковного имени Бородуня. В основе — слово «борода». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бородунин буквально означает «сын Бородуни», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Прозвище Бородуня могли дать обладателю окладистой, заметной бороды. В крестьянской среде борода считалась признаком мужской зрелости и солидности, поэтому прозвище могло быть уважительным, а не насмешливым. Встречался и вариант Бородуля — с тем же корнем, но другим суффиксом.

Словообразовательная модель здесь типична для северных и центральных русских говоров. Суффикс -ун-/-унь- (как в Хвастуня, Говоруня) придаёт прозвищу оттенок характерного признака: Бородуня — «тот, кто примечателен бородой». Такие формы активнее бытовали в Новгородской, Вологодской, Архангельской землях, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

В ономастике фамилию иногда сближают с Бородиным, но это не одно и то же. Бородин — от «Борода» напрямую, а Бородунин — от уменьшительно-оценочной формы. Встречается и вариант написания через «а» — Бародунин, но он редок и, вероятно, результат диалектного аканья.

Точных данных о сословном составе первых носителей нет, но, судя по модели, это фамилия крестьянская или посадская. Дворянских родов Бородуниных в родословных книгах не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение. В современных справочниках фамилия встречается нечасто, преимущественно в центральных и северных областях России.