Фамилия Бородухин входит в число русских фамилий, образованных от прозвища, и её основа лежит на поверхности — слово «борода». Однако за простотой корня скрывается необычная словообразовательная модель, которая сразу выделяет эту фамилию среди «бородатых» соседей.

В основе фамилии лежит прозвище Бородуха. Суффикс -ух- в русских прозвищах имел ярко выраженный просторечный, часто пренебрежительный или шутливый оттенок. Если человек с большой окладистой бородой мог получить прозвище Борода, то Бородуха — это уже не просто обладатель бороды, а человек, для которого она стала главной, почти карикатурной приметой. Такие прозвища давали с иронией, но не обязательно со злостью: Бородухой могли назвать и уважаемого старца, чья борода была символом мудрости, и мужика, который гордился своей растительностью.

Суффикс -ин в финале указывает на стандартную притяжательную модель: «чей?» — «Бородухин», то есть сын Бородухи, потомок человека с таким прозвищем. Важно, что фамилия Бородухин — не единственная в этом гнезде. Сравните с фамилиями Бородин (от Борода), Бородкин (от Бородька) или Бородавкин (от Бородавка). Бородухин стоит особняком: суффикс -ух- встречается реже, чем уменьшительные -к- или -ок-, поэтому фамилия сохраняет оттенок прозвищной грубоватости.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. В старых переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с именем Бородуха в Вятке и на Устюге. Это подсказывает, что предки Бородухиных были не из знатных родов, а из свободных крестьян или ремесленников — именно в этой среде живые прозвища с «ух» были в ходу.

Спорных версий происхождения у фамилии почти нет. Иногда пытаются связать её с тюркским словом «борода» или с диалектным «бородуха» (так в некоторых говорах называли гриб-трутовик), но обе гипотезы слабы: первая избыточна, вторая — слишком узкая. Самое правдоподобное объяснение — отчество от прозвища, данного по внешнему признаку.