Фамилия Бороткин — редкий случай, когда суффикс -ин не указывает на принадлежность отцу или матери, а встроен в основу. В русской антропонимии фамилии на -кин обычно образуются от имён и прозвищ, оканчивающихся на -ка: Федька → Федькин, Сенька → Сенькин. Но здесь основа — Боротк-, а не Борот. То есть исходное прозвище звучало как Боротко́, а не Боротка. Такая модель характерна для украинской и белорусской традиции, где уменьшительные формы на -ко (Иванко, Петько) давали фамилии на -ков или -кин при адаптации в русской среде. Так что Бороткин — это, скорее всего, обрусевший вариант фамилии Боротко.

Корень «борот-» напрямую связан с глаголом «бороть» (бороть, побеждать) или с существительным «борот» — в диалектах так называли борца, силача. В некоторых говорах «боротень» означало человека, который постоянно с кем-то борется, задиру. Прозвище Боротко могли дать драчуну, спорщику или, наоборот, профессиональному борцу — в кулачных боях или на ярмарочных состязаниях. Менее вероятна, но возможна связь с «борода»: в говорах встречается форма «боротка» как уменьшительное от «борода», но тогда фамилия писалась бы как Бородкин, а не Бороткин — разница в гласном принципиальна.

Географически фамилия тяготеет к южным и юго-западным регионам России, а также к Беларуси и Украине. Встречается она нечасто: по данным современных телефонных справочников, основные очаги — Брянская, Смоленская области и Краснодарский край. Это косвенно подтверждает украинско-белорусское происхождение: именно оттуда в XVII–XVIII веках шёл активный поток переселенцев на юг и юго-восток.

В дореволюционных источниках фамилия могла писаться через «а» — Бараткин, но в современном написании закрепился вариант с «о». В церковных метриках XIX века встречаются единичные записи о крестьянах Бороткиных в Могилёвской губернии — это ещё один аргумент в пользу западнорусских корней. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.