Фамилия Борботкин — яркий пример того, как редкая основа и нестандартный суффикс могут запутать даже опытного этимолога. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, здесь мы видим суффикс -кин, который обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Борботкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Борботка. Но что скрывается за этим прозвищем?

Самая вероятная версия отсылает к диалектному глаголу «борботать» или «бормотать». В русских говорах, особенно в центральных и северных областях, «борботун» — это тот, кто говорит невнятно, бормочет себе под нос. Прозвище Борботка могли дать неразговорчивому, угрюмому человеку или, наоборот, тому, кто постоянно ворчал. Модель образования проста: от глагольной основы через суффикс -отк- (сравните: бормотать — бормотка) получилось прозвище, а затем фамилия.

Менее убедительна, но возможна связь с украинским или белорусским словом «борбот» — так в некоторых регионах называют вид жука или шмеля. Если предок получил прозвище за сходство с насекомым (например, за неуклюжесть или жужжащую манеру речи), то Борботкин могло означать «сын Борбота». Однако для такой версии фамилия должна была бы звучать как Борботов или Борботенко, а суффикс -кин здесь выглядит чужеродно.

Примечательно, что фамилия Борботкин практически не встречается в старых дворянских родословных и ревизских сказках центральных губерний. Единичные записи конца XIX — начала XX века фиксируют её в основном на юге России и в Поволжье, что косвенно поддерживает версию о диалектном происхождении. Скорее всего, носители фамилии были крестьянами или мещанами, а сама она возникла не в боярской среде, а в гуще народной речи, где меткое прозвище закреплялось за целым родом.