Фамилия Боякеева — женская форма, а мужская — Боякеев. В её основе лежит тюркское мужское имя Боякей. Такая модель образования (имя + русский патронимический суффикс -ев) типична для фамилий, которые возникли у народов Поволжья и Приуралья, в первую очередь у татар и башкир, в конце XVIII–XIX веках, когда начался массовый учёт населения и закрепление фамилий по русскому образцу.

Имя Боякей составное. Первая часть, «бой» или «бай», в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин». Вторая часть — «кей» — восходит к тюркскому «кю» или «кей» со значением «настроение», «состояние духа», «нрав». В целом Боякей можно перевести как «богатый духом», «великодушный» или «благородный по характеру». Такие имена-пожелания давали мальчикам, чтобы подчеркнуть их будущие душевные качества, а не богатство в прямом смысле.

Словообразовательный суффикс -ев указывает на принадлежность: Боякеев буквально означает «сын Боякея». Обратите внимание, что в основе остаётся «Боякей», а не «Бояк»: гласная «е» перед суффиксом — часть имени, а не показатель чего-то другого. Это отличает фамилию от более простых форм вроде Бояков, где основа могла бы быть усечена.

Географически фамилия Боякеева чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане и в Оренбургской области. В этих регионах исторически жили тюркские народы, где имя Боякей было известно, хоть и не являлось массовым. Встречается она и у русских, но это, скорее всего, результат смешанных браков или обрусения носителей в советское время.

Сословно предки Боякеевых, вероятнее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами. Фамилия не указывает на дворянское происхождение: в России такие патронимические фамилии на -ев/-ов в массе своей получили именно крестьяне и мещане после ревизий. Знатных родов с этой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано.