Фамилия Бояков чаще всего происходит от прозвища Бояк, которое связывают с глаголом «бояться». Скорее всего, такое прозвище давали человеку с пугливым, робким или чрезмерно осторожным нравом. В основе лежит не столько осуждение трусости, сколько констатация особенности поведения — той, что в старину легко прилипала к человеку в качестве уличного имени. Потомок Бояка получал фамилию по отцу: Бояков — буквально «сын Бояка».

Есть и другая, менее очевидная версия. На юге Москвы, у впадения реки Городни в Царицынские пруды, протекает ручей Бояков овраг. Длина его чуть меньше двух километров. Если предок семьи жил в той местности или владел там землёй, он мог получить прозвище по урочищу, а уже от него образовалась фамилия. Такая модель встречается реже, но для центральных русских областей не исключена.

Обратите внимание на суффикс -ов. В русских фамилиях он указывает на принадлежность: чей? — Бояков, то есть из рода Бояка. Это типичная патронимическая модель, самая распространённая в России. Фамилия не дворянская и не крестьянская в узком смысле — её могли носить люди любого сословия, если в их роду закрепилось такое прозвище.

В письменных источниках эта фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Если сравнивать с однокоренными — Бояринов, Бояркин, — то Бояков стоит особняком: в основе не социальный статус (боярин), а личная характеристика или географическая привязка.