Фамилия Бояковский образована по модели с суффиксом -ск-, типичной для географических и дворянских фамилий. В данном случае наиболее вероятная версия — топонимическая. На юге Москвы, недалеко от впадения реки Городни в Царицынские пруды, протекает ручей Бояков овраг длиной чуть менее двух километров. Основатель фамилии, скорее всего, жил или владел землей рядом с этим оврагом.

Существует и альтернативная гипотеза, связывающая фамилию с прозвищем Бояковый. Его могли дать человеку по особенности характера: от глагола «бояться» — боязливому, осторожному, робкому. Потомок такого человека со временем получал фамилию Бояковский. Эта версия менее вероятна, так как прозвища в основе фамилий на -ский встречаются реже, чем топонимы.

В истории известен дворянский род Бояковских, внесенный в родословную книгу Киевской губернии. Это косвенно подтверждает, что фамилия могла закрепиться за владельцами земель или служилыми людьми. В любом случае, обе версии сходятся к одной основе — либо к конкретному месту, либо к прозвищу, которое закрепилось за родом.