Фамилия Бойкулов — наглядный пример того, как фамилии, кажущиеся на первый взгляд русскими, на самом деле пришли из тюркских языков. Её основа — тюркское личное имя или прозвище Бойкул. Разбираем по частям: «бой» в тюркских наречиях (особенно в казахском, киргизском, узбекском) означает «богатый», «знатный», «господин» или «рост», «стан»; «кул» — «раб», «слуга», но в составе имён часто теряло негативный оттенок и означало «преданный», «верный», как, например, в именах Аллакул, Худайкул. Таким образом, Бойкул — это «верный слуга господина», «раб богатого» или, по другой версии, «богатый слуга». Имя было распространено у народов Средней Азии, особенно у узбеков и казахов.

Русский суффикс -ов в конце фамилии указывает на то, что фамилию адаптировали в русской среде по стандартной модели: к тюркскому имени Бойкул добавили притяжательный суффикс, означающий «сын Бойкула» или «принадлежащий Бойкулу». Такое оформление характерно для фамилий, которые появились у народов, вошедших в состав Российской империи, или у тех, кто переходил на русскую документацию. Фамилия Бойкулов почти не встречается у этнических русских — она распространена в среде татар, башкир, казахов, узбеков, а также в смешанных регионах Урала и Поволжья.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с русским диалектным словом «бойкий» — живой, проворный. В таком случае Бойкул могло быть прозвищем бойкого, резвого человека, а фамилия образовалась бы от него с помощью уменьшительного суффикса -ул- (как в фамилиях Бойков, Бойченко). Но эта гипотеза слабая: суффикс -ул- не характерен для русских прозвищ, а тюркская основа прослеживается гораздо яснее. Словарь Б. Унбегауна подтверждает, что фамилии на -кулов массово восходят к тюркским именам с компонентом «кул».

По социальному происхождению носители фамилии Бойкулов в основном были крестьянами или ремесленниками, так как в среде тюркских народов такие фамилии не указывали на дворянство. Встречаются и среди казачества, где фиксировались фамилии инородческого происхождения.