Фамилия Браченя звучит на южнорусский или белорусский лад. Её основа — слово «брак», но не в современном значении «супружество», а в древнем: «брак» раньше означал «изъян, недостаток, порча». Человек мог получить прозвище Брак или Браченя, если занимался отбраковкой товара — например, на ярмарке или в ремесленной артели. Суффикс -еня характерен для западнорусских и белорусских земель: он образует ласкательные или уменьшительные формы от личных имён и прозвищ (сравните: Степан — Степаненя, Григорий — Григореня). В этом случае Браченя — не просто «тот, кто бракует», а скорее «сын Брака» или «маленький Брак», то есть патронимическое прозвище.

Вторая версия, более редкая, связывает фамилию с диалектным глаголом «брачить» — «кричать, громко говорить». Если предок обладал зычным голосом, его могли прозвать Браченей. Но первая версия надёжнее: слово «брак» в значении «изъян» широко бытовало в русских говорах с XVI века, а прозвища по роду занятий — самый частый источник фамилий у крестьян и ремесленников.

Географически фамилия встречается на западе Брянской области, в Смоленской области и на востоке Беларуси — как раз в зоне, где суффикс -еня распространён. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: дворянских родов с таким окончанием почти нет. В документах XIX века Брачени не фигурируют как помещики или купцы первой гильдии.

В написании фамилия устойчива: Браченя, без вариантов Браченин или Браченко, что тоже указывает на её западнорусское происхождение. По сути, это прозвище-профессия, которое закрепилось за родом и дошло до нас без изменений.