Фамилия Братченя относится к распространенному типу украино-белорусская фамилий и образована от личного прозвища. Прозвище Братченя образовано от аналогичного украинского нарицательного со значением «брат», «двоюродный брат», «сводный брат», «друг, товарищ». Возможно также, что Братченей прозвали доброго, отзывчивого человека или хорошего, верного друга. В таком случае прозвище Братченя указывало как на религиозные взгляды, так и на род деятельности основателя фамилии.