Фамилия Брудько — редкий случай, когда географическая привязка важнее, чем разбор корня. Она почти наверняка украинская или белорусская, и указывает не столько на занятие предка, сколько на его место жительства или характерную черту. Суффикс -ко — типичный для украинских и южнорусских фамилий, он часто превращал прозвище в родовое имя.

Основа «бруд-» в украинском и белорусском языках означает «грязь», «сор», «нечистота». Слово «бруд» (а также «брудний» — грязный) прямо указывает на прозвище. Предка могли прозвать Брудом или Брудьком за неопрятность, работу в грязи (например, гончара, землекопа, болотного крестьянина) или, иронично, за то, что он жил в болотистой местности. В ономастике такие «антиэстетичные» прозвища были обычным делом — они работали как обереги или просто фиксировали заметную черту.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем. В старых польских и белорусских записях встречается имя Бруд, которое могло быть сокращением от Бронислав или от языческого имени с корнем «брод» (тот, кто бродит). Но для фамилии Брудько эта гипотеза слабая: суффикс -ько чаще присоединялся к прозвищам, чем к полным именам.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилии на -ко (Брудько, Глушко, Сороко) разбираются как типично украинские. Географически фамилия встречается в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и в южной Беларуси, что подтверждает её диалектную, а не литературную основу. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась в XIX веке.

Итог: Брудько — прозвищная фамилия, образованная от украинского «бруд» (грязь). Предок, скорее всего, был человеком, жившим на болоте, работавшим с землей или получившим нелестное, но цепкое прозвище за внешний вид.