Фамилия Бруйко — один из тех случаев, когда внешне простая звучащая основа не даёт однозначного ответа. Первое, что бросается в глаза, — редкий и характерный суффикс -ко. В украинской, белорусской и южнорусской ономастике он выполнял роль уменьшительности или указывал на происхождение от отца по прозвищу (как в фамилиях Шевченко, Коваленко). То есть Бруйко — это, скорее всего, не «сын Бруя», а «маленький Бруй» или «человек, связанный с Бруем».

Основа «бруй» — самая спорная часть. В украинском языке слово «бруй» (или «бруя») означает струю, поток, течение воды, а также, в переносном смысле, — струю воздуха. Если фамилия пошла от прозвища Бруй, то его могли дать человеку быстрому, стремительному, «текучему» в движениях, либо тому, кто жил у быстрого ручья или родника. В белорусском языке «бруя» — это тоже струя, но есть и диалектное «бруйны» — шумный, бурливый. Так что прозвище могло быть звукоподражательным или характеризовать живой нрав.

Вторая версия, менее очевидная, но лингвистически возможная: связь с польским или западнославянским словом «brój» — старинное обозначение оружия, доспехов или защиты. В этом случае Бруйко могло быть прозвищем воина, оружейника или человека крепкого, «бронированного». Однако для восточнославянской почвы эта версия слабее: слово не было распространённым в быту, и фамилии от него встречаются реже.

Географически фамилия Бруйко почти целиком привязана к западу и северу Украины, а также к югу Беларуси. В исторических метриках и ревизских сказках XIX века она встречается в Волынской, Киевской и Гродненской губерниях. В России фамилия редкая и, как правило, ведёт родословную от переселенцев из этих регионов. Сословно носители Бруйко чаще всего были крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: Бруйко — украинское или белорусское прозвище, превращённое в фамилию, которое указывало на характер или место жительства предка. Если ваш предок был Бруй, то он мог слыть человеком «струистым» — быстрым, непоседливым или говорливым, как бурлящий поток.