Фамилия Бубеничек — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось с веками, сохранив свою звукоподражательную и уменьшительно-ласкательную форму. Сразу видно, что перед нами не дворянский род, а человек из простонародья, которого прозвали за характерный звук или предмет.

Корень здесь — «бубен». В русских говорах так называли не только музыкальный инструмент (тамбурин, погремушку), но и болтуна, пустомелю, человека, который «бубнит» или говорит без умолку. Суффикс «-ичек» — уменьшительный, причём нестандартный. Обычно в русских фамилиях мы встречаем «-ик» (Бубеник) или «-ек» (Бубенек). Форма «Бубеничек» — это, скорее всего, не искусственное канцелярское образование, а живое прозвище, которое бытовало в разговорной речи на юго-западе России или в Беларуси. Там уменьшительные суффиксы с «ч» встречаются чаще.

По модели образования фамилия — типичная «усечённая» или «прозвищная». Она не получила притяжательного суффикса «-ов» или «-ин» (Бубеничков, Бубеничкин), а застыла в форме именительного падежа единственного числа. Это характерно для украинских и белорусских фамилий, а также для польских (сравните: Коваль, Бондарь, а не Ковалёв). На русской почве такие фамилии — явление более позднее, часто фиксированное при переписях уже в XIX веке.

Что касается значения, то угадать, кем был первый Бубеничек, несложно. Или это весёлый, неумолкающий говорун (прозвище по характеру), или мастер, делавший бубны и погремушки. Второй вариант менее вероятен, потому что ремесленников обычно называли по инструменту без уменьшительного суффикса: Бубенщик, Бубенников. А вот ласкательное «Бубеничек» — это скорее ироничная или даже насмешливая кличка, которую дали человеку, напоминающему маленький, звенящий бубенчик — то ли голосом, то ли суетливостью.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных она единична, что подтверждает: это не массовая фамилия, образованная от церковного имени, а локальное прозвище, закрепившееся за одной-двумя семьями. Искать её корни стоит в западных областях России, на границе с Беларусью или в Черниговской губернии.