Бубир — фамилия с неочевидной этимологией, и это как раз тот случай, когда короткое слово скрывает за собой несколько возможных историй. Самый вероятный путь её происхождения — прозвище, связанное с диалектным словом «бубир». В южнорусских и украинских говорах так называли человека с большими, навыкате глазами, а иногда — просто пучеглазого. Корень здесь тот же, что в слове «бубен» (в смысле «вздутие», «шар»), и прозвище давали по характерной внешности.

Вторая версия — профессиональная. «Бубирем» или «бубнилом» могли назвать барабанщика или музыканта, играющего на духовых инструментах (от «бубен», «бубить» — издавать гулкий звук). Такое прозвище легко закреплялось за человеком, чьё ремесло было связано с шумом или музыкой. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия встречается в западноукраинских и польских землях, где слово «bęben» (барабан) дало начало фамилиям Бембен, Бембеник и похожим.

Менее вероятно, но возможно, что Бубир — это вариант фамилии Бубер, восходящей к еврейскому имени Бубер (уменьшительная форма от Борух). Однако для русской и украинской традиции такое объяснение маргинально: фамилия Бубир не фиксируется в списках еврейских фамилий Российской империи, а её географическое ядро — Черниговская, Полтавская и Харьковская губернии, где она бытовала среди крестьян и казаков. Суффикс -ир в фамилии — редкий для восточнославянских фамилий, он характерен для украинских прозвищных образований (ср. Ковтун — Ковтун, но с иной огласовкой). Модель образования проста: прозвище Бубир стало фамилией без дополнительных суффиксов, что типично для украинских фамилий, особенно в среде казачества и мещан.

Сословная принадлежность носителей фамилии — преимущественно крестьяне и казаки. В ревизских сказках XIX века Бубиры встречаются как государственные крестьяне и казаки Черниговской губернии. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сегодня фамилия редкая, её можно встретить в России, на востоке Украины и в Беларуси, а также среди потомков эмигрантов в США и Канаде.