Фамилия Бубис, вероятно, образована от прозвища Буб, в основе которого лежит немецкое слово Buobe - «мальчик». По другой версии, это прозвище происходит от литовского глагола būbauti - «реветь». Следовательно, Бубом могли называть плаксу. Согласно еще одной гипотезе, в основе фамилии Бубис лежит имя Буба, которое является уменьшительной формой имени Вахтанг. Оно восходит к ираноязычной основе и означает «имеющий волчье тело». Например, только у евреев можно было встретить такие фамилии, как Вейценбаум, что в переводе с немецкого означало «пшеничное дерево», Зауэрштром – «кислый поток», Левенфиш – «рыба-лев», Цигенбаум – «козье дерево», Квечман – «высказываться неохотно».