Фамилия Бублиенко образована по распространённой в украинской ономастике модели: к основе прозвища Бублий добавился суффикс -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». То есть Бублиенко — это буквально «сын Бублия». Такая модель была особенно популярна в левобережной Украине и на Запорожье в XVI–XVIII веках.

Прозвище Бублий, лёгшее в основу фамилии, происходит от слова «бублик» — хлебного кольца, большой баранки. В старину прозвища, связанные с едой и ремеслом, давали по роду занятий. Поэтому первая и самая вероятная версия: предок носителя фамилии был пекарем, который пёк бублики, баранки, крендели. В украинских местечках и городах такие мастера были на виду, и прозвище быстро закреплялось за ними и их семьёй.

Есть и вторая версия, менее профессиональная, но бытовая. В народе «бубликом» могли в шутку назвать круглого, полного, упитанного человека — по сходству фигуры с кольцом теста. Такие прозвища по внешности тоже были обычным делом, и со временем они переходили в фамилии.

Интересно, что фамилия Бублиенко встречается в основном в центральных и южных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Ставрополье. В русском контексте она сохранила украинский суффикс -енко, который чётко указывает на происхождение рода с территории бывшей Гетманщины или Слобожанщины. Однокоренные фамилии — Бублик, Бубликов, Бубличенко — тоже встречаются, но Бублиенко выделяется именно типично украинским окончанием.