Фамилия Будзилко образована от прозвища Будзила. Оно же, скорее всего, восходит к белорусскому слову «боўдзіла», которое переводится как «амбал, громила». Вполне вероятно, что это прозвище отражало особенности внешности основателя рода: возможно, он был очень высоким и крепким человеком. Согласно другой гипотезе, прозвище Будзила этимологически связано с польским глаголом budzic, то есть «будить». Исходя из этого, можно предположить, что такое прозвище получил человек, который просыпался очень рано. Не исключено также, что прозвище Будзила ведет свое начало от названия населенного пункта Краево-Будзилы, расположенного в гмине Шумово в Польше. В таком случае родоначальник фамилии мог быть выходцем из этих мест. Суффикс -ко, с помощью которого образована фамилия Будзилко, указывает на белорусское или украинское происхождение. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Будзила, со временем получил фамилию Будзилко.