Фамилия Будилко — яркий пример того, как прозвище, данное за характер или поведение, намертво закрепилось в родовом имени. В её основе лежит глагол «будить», а суффикс -к-о указывает на украинское или белорусское происхождение: в этих языках фамилии с таким окончанием (Тягнибок, Приходько, Ломако) образуются от глагольных форм и означают «тот, кто делает то-то». Будилко — буквально «тот, кто будит», «будящий».

Скорее всего, прозвище Будилко дали человеку с беспокойным нравом или особой обязанностью. В крестьянском быту «будильщиком» могли называть того, кто вставал раньше всех и поднимал домочадцев на работу, или же, в переносном смысле, — задиру, зачинщика ссор, «пробуждающего» других к действию. В некоторых говорах «будилой» называли и нетерпеливого, настойчивого человека. Не исключён и более узкий профессиональный оттенок: в крупных поместьях или на фабриках XIX века существовала должность будильщика — человека, который обходил работников и стучал в окна, чтобы те не проспали смену.

Словообразовательная модель с суффиксом -к-о характерна для южнорусских и малороссийских земель, поэтому основная масса носителей фамилии Будилко исторически сосредоточена на Украине и в приграничных областях России (Брянская, Курская, Белгородская области). Встречается она и в Беларуси, но реже. Интересно, что фамилия не перешла в типичную великорусскую форму «Будилкин» — это говорит о том, что она закрепилась именно в той среде, где суффикс -ко был нормой для фамилий-прозвищ.

В документах фамилия фиксируется с XVII–XVIII веков, в основном среди казаков и крестьян. Например, в реестре Войска Запорожского или в метрических книгах Полтавской губернии можно встретить Будилок без окончания на -о (Будилко — это именительный падеж, а в документах писали «Будилка» или «Будилко» в зависимости от контекста). Известных носителей с громкой исторической славой среди Будилок нет, что типично для фамилий, вышедших из народной среды: это имя простого человека, чья главная «заслуга» — яркая черта характера или бытовая роль.