Фамилия Будилин — одна из тех, что прямо рассказывает о занятии или особенности предка. В её основе лежит прозвище Будила. Самый прямой смысл — «тот, кто будит, не даёт спать». Однако за этим бытовым значением часто стояла конкретная должность: в старину Будилой называли человека, обязанного будить людей по службе — например, на посаде или в монастыре. В нижегородских говорах у слова было и другое значение — безбородый мужчина, что тоже могло стать причиной прозвища.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Будилин — «сын Будилы». Такая патронимическая форма типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а.

Есть и вторая, не менее правдоподобная версия: Будила — это краткая, обиходная форма древнерусских имён Будимир или Будислав. Оба имени были распространены в домонгольской Руси и состояли из двух корней: «буди» (от «будить», в значении «пробуждать, понуждать») и «мир» или «слав». Такие имена давали с пожеланием ребёнку славы или мира, а в быту их сокращали до Будила. В этом случае фамилия Будилин восходит не к прозвищу, а к полному имени крестильного или дохристианского типа.

Однокоренные фамилии встречаются в исторических документах. С. Б. Веселовский в своих ономастических работах упоминает Будило — подьячего, казнённого в 1570 году в опричный период. Эта запись показывает, что прозвище и фамилия бытовали в служилой среде уже в XVI веке. Важно, что фамилия Будилин не относится к числу редких: она встречается в центральных областях России, особенно в бывших Нижегородской и Владимирской губерниях, что косвенно подтверждает связь с нижегородским говором.

Таким образом, носитель фамилии Будилин может считать своим предком либо человека с обязанностью будильщика, либо обладателя характерной внешности (безбородого), либо потомка древнерусского Будимира или Будислава. Все три версии имеют под собой историческую и лингвистическую основу, и выбрать одну из них без дополнительных генеалогических данных сложно.