Основой фамилии Будилкин послужило мирское имя Будилка. Мирское имя Будилка, вероятно, получил «тот, кто будит», не дает спать. Такое имя мог получить беспокойный, крикливый ребенок. Согласно другой версии, в основе фамилии Будилкин лежит не имя, а прозвище Будилка, которое связано с глаголом «будить» в значении «побуждать, сподвигать на какие-то действия». В этом случае прозвище Будилка мог получить энергичный человек, способный увлечь своим энтузиазмом других. Веселовского упоминаются: Будило, подьячий, казнен в 1570 г. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Будилка, со временем получил фамилию Будилкин.