Фамилия Бухаркина образована от прозвища Бухарок. В основе лежит диалектное слово «бухара» с целым веером значений: так называли и «запольную, пустошную землю, где каждые 3–4 года сеется рожь», и «сенокос в лесу, где растет трава лист, листуга», и «ушастую шапку, опушенную пыжиком», и даже «камин, комелек, чувал». Судя по такому разбросу, прозвище Бухарок могло указывать на род занятий человека. Перед нами типичное «профессиональное» именование: предок мог быть земледельцем, обрабатывавшим пустоши, сенокосцем, скорняком или шапочником, либо печником, который клал камины. Какую из этих версий выбрать — решить трудно, но все они правдоподобны, потому что каждая опирается на реальное диалектное слово.

Есть и другая гипотеза, более экзотичная: фамилия Бухаркина восходит к топониму Бухара (или Букара) — одному из древнейших городов Узбекистана. В пользу этой версии говорит суффикс -ин, который в русских фамилиях часто указывает на принадлежность к месту: ср. Казань — Казанкин, Рязань — Рязанкин. Если основатель рода родился или долгое время жил в Бухаре, его могли прозвать Бухаркой, а потомков записать как Бухаркиных. Сам топоним в переводе с согдийского означает «удачная местность», что добавляет версии романтический оттенок.

Примечательно, что обе гипотезы не противоречат друг другу: слово «бухара» в русских говорах и название среднеазиатского города могут иметь общий корень. Однако для рядового носителя фамилии Бухаркина более вероятна связь именно с местным, диалектным прозвищем. Фамилия встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где слово «бухара» в значении «пустошь» или «лесной сенокос» было хорошо известно. К тому же суффикс -ок в прозвище Бухарок типичен для русских именований по занятию или характерной черте, а вот от названия города чаще образовывали фамилии на -ский (Бухарский). Так что версия с прозвищем выглядит предпочтительнее, хотя окончательно отбрасывать «городскую» не стоит.