Фамилия Булгарин — одна из тех, что напрямую отсылает к истории этносов и государств. В её основе лежит прозвище Булгарь, которое давали человеку, имевшему отношение к волжским булгарам — тюркским кочевым племенам, населявшим с IV века степи от Причерноморья до Каспия. Во второй половине VII века часть этих племён мигрировала в Подунавье, а позднее — в Среднее Поволжье. Булгары участвовали в этногенезе болгар, казанских татар, башкир, чувашей и балкарцев, а также передали своё имя государству Болгария. Прозвище Булгарь могло указывать либо на происхождение предка из этих народов, либо на его внешние или поведенческие черты, которые окружающие связывали с «булгарами» — например, смуглую кожу или горячий нрав.

Существует и топонимическая версия. Фамилия может восходить к городу Булгар в современной Татарии (основан в 1781 году). К югу от него находится городище Болгар X–XIV веков — архитектурно-археологический музей-заповедник. Если предок Булгариных родился или долгое время жил в этих местах, прозвище Булгарь закрепилось за ним по месту жительства.

В истории известен дворянский род Булгариных, чьи имения находились в окрестностях Костромы. Это не случайно: именно в костромских землях традиционно селили выходцев из казанской среды после присоединения Казанского ханства. Таким образом, костромские Булгарины — вероятные потомки служилых татар или булгар, перешедших на русскую службу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Булгарин — «сын Булгаря» или «человек из рода Булгаря». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия довольно редкая и не смешивается с более известной фамилией Булгаков, которая образована от того же корня, но с другим суффиксом.