Фамилия Бумажников образована от прозвища Бумажник. В старину слово «бумажник» не было однозначным, и это даёт сразу две версии происхождения.

Первая версия отталкивается от прямого, сегодня забытого значения: бумажником называли стёганый тюфячок, набитый хлопчатой бумагой (ватой). Такой тюфяк был мягким, бесформенным — отсюда прозвище могло закрепиться за человеком вялым, апатичным, безвольным, которого в переносном смысле сравнивали с этой бесхребетной подстилкой.

Вторая версия связана с более привычным значением: бумажник — это складной карманный портфельчик для денег и документов. У крестьян такой предмет называли паспортником и нередко носили на шее. В этом случае Бумажником могли прозвать человека деловитого, прижимистого, предприимчивого — купца, управляющего имением или просто того, кто водил деньги и вёл дела. Прозвище указывало не на внешность, а на род занятий или характер: «бумажник» как хозяин бумажника.

Фамилия Бумажников закрепилась по обычной для XV–XVI веков модели: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Бумажника», «из рода Бумажников». В среде богатых и служилых людей такие фамилии передавались по наследству, поэтому предок носителя мог быть как зажиточным крестьянином, носившим паспортник на шее, так и человеком, которого за медлительность дразнили тюфяком. Оба варианта правдоподобны, но вторая версия встречается чаще: прозвища по роду занятий в русской ономастике преобладают над прозвищами по случайным бытовым предметам.