Фамилия Бундзен — редкий пример того, как русская фамилия вобрала в себя балтийские корни. Её основа — прозвище Бундза, которое восходит к латышскому слову «bundža» — «банка». Скорее всего, первый носитель такого прозвища занимался ремеслом: делал или продавал стеклянную и глиняную посуду. В пользу этой версии говорит и суффикс -ен, который нехарактерен для русской модели фамилий, но встречается в прибалтийско-немецком и латышском ареале. То есть фамилия могла оформиться уже в среде, где смешались русские и балтийские языки.

Но есть и другая гипотеза, уводящая на юг. Украинское слово «бундз» многозначно: это и молодой овечий сыр, и узел на бечевке, и коротко остриженный человек. Если принять эту версию, то предок Бундзен мог быть сыроваром, веревочником или просто человеком с короткой стрижкой — прозвище по внешнему признаку. Украинский след объясняет и конечное -ен: в украинской ономастике такие фамилии не редкость (ср. Бондарен, Ковален).

Какую из версий считать основной? Латышская выглядит крепче: слово «bundža» имеет чёткое бытовое значение, а профессия посудника или торговца посудой — распространённый источник фамилий. Украинская гипотеза интересна, но упирается в то, что слово «бундз» в значении «сыр» или «узел» — диалектное и локальное, а значит, фамилия могла возникнуть лишь в очень узком регионе.

Фамилия Бундзен — не частая, в исторических документах встречается редко. Это типичная «ремесленная» фамилия, которая говорит о занятиях предка точнее, чем многие более распространённые. Написание с конечным -ен указывает, что она, скорее всего, закрепилась не в центральной России, а на западных или юго-западных окраинах империи.